Филиппова пустынь находится в двух километрах от Соловецкого монастыря, на небольшом холме у Игуменского озера. Это место связано с памятью об игумене Филиппе. Сейчас здесь растут несколько старых кедров и сохранился только келейный корпус, построенный в середине XIX века.
Филипп много времени проводил в пустыни в молитве и безмолвии, когда был ещё простым иноком. Став игуменом Соловецкого монастыря, он также часто уходил в пустынь. Когда царь Иван Грозный приказал игумену Филиппу отправляться в Москву, по преданию, Филипп во время молитвы увидел Спасителя в терновом венце и оковах, что послужило предзнаменованием его кончины.
На месте этого явления забил источник чистой воды, над источником игумен Филипп поставил часовню. С тех пор в Филипповой пустыни соловецкие монахи сохраняли келью игумена, а в ней – камень, который Филипп клал себе под голову. Филиппова пустынь на Соловецком острове была местом для уединения, где селились схимники.
В XIX веке на месте старой часовни в пустыни построили новую, а в 1854 году над источником построили и освятили церковь в честь иконы Божией Матери «Живоносный источник». Рядом построили небольшую колокольню, а святой источник в церкви находился под алтарём.
Филиппова пустынь была разорена и разрушена в 1920-е годы. На этом месте был устроен заповедник для разведения пушных зверей, территория которого доходила до Долгой губы. Источник сохранился, над ним устроен колодец, в пустыни установлен деревянный Поклонный Крест.
